در ادامه وضع محدودیت و ظلم گروه طالبان علیه شیعیان و اقوام غیر پشتون در افغانستان، پیروان مذهب اسماعیلیه این کشور هم از این ستم طالبان در امان نمانده اند.
ساکنان بدخشان در شمال شرق افغانستان می‌گویند طالبان در دوسال گذشته به صورت هدفمند و پیگیر تلاش می‌کنند پیروان مذهب شیعه اسماعیلیه را که بیشتر در مناطق مرزی با تاجیکستان زندگی می‌کنند، به گرویدن به مذهب سنی وادار کنند.
منابع آگاه در بدخشان در گفت و گو با چند رسانه محلی گفتند که در شهرستان اشکاشم که بیشترین جمعیت پیروان مذهب اسماعیلیه زندگی می‌کنند، طالبان چندین مدرسه دینی با درس‌نامه‌های مذهب حنفی ایجاد کرده اند و کودکان دختر و پسر خانواده‌های اسماعیلی را در این مدارس جذب کرده اند. این منابع همچنین گفتند که طالبان پنج جماعت خانه (محل عبادت پیروان مذهب اسماعیلیه) را به مسجد تبدیل کرده اند و پیروان این مذهب از عبادت در این مکان‌ها منع شده اند.
با سلطه دوباره گروه طالبان بر افغانستان، این گروه محدودیت های زیادی را علیه شیعیان و پیروان سایر مذاهب غیر حنفی وضع کردند. در تازه ترین مورد، مراسم های عزاداری امام حسین علیه السلام در افغانستان که پیش از این همه ساله به صورت گسترده از سوی شیعیان تجلیل می‌شد، اما امسال با محدودیت های شدیدی همراه بود. بر اساس گزارش‌ها گروه طالبان ضمن وضع محدودیت های جدی، در شهر کابل و استان غزنی، دسته های عزاداران حسینی را مورد ضرب و شتم قرار داده و به سوی شان تیراندازی کردند.
