یک نهاد حقوق بشری موسوم به «رواداری» در گزارشی نوشته است که طالبان تمام قاضیان شیعه در افغانستان را برکنار کرده و اکنون در دستگاه قضایی این گروه هیچ قاضی شیعه حضور ندارد. نویسندگان گزارش با ارائه مصداق‌هایی نوشته اند که نظام قضایی افغانستان فروپاشیده است.
طالبان پس از تسلط دوباره بر افغانستان، قانون «احوال شخصیه» شیعیان را لغو کرده و در حال حاضر دعوی های مدنی و احوال شخصیه شیعیان را براساس فقه حنفی پیش برده است.
در گزارش تازه سازمان «رواداری» به موارد زیادی از برخوردهای تبعیض آمیز، شکنجه و ارعاب شهروندان در دادگاه‌های طالبان اشاره شده است.
در این گزارش به صورت موردی به دعوای سنیها و شیعیان بر سر مسجدی در منطقه «دولت‌خانه» هرات اشاره شده که دادگاه طالبان آن را به نفع سنیها پیش برده است. در حالی که به باور نویسندگان گزارش، شیعیان سالیان متمادی از این مسجد استفاده می‌کردند.
این سازمان همچنین گفته که پس از تسلط طالبان، نهادهای عدلی و قضایی از وجود نیروهای تخصصی و آموزش دیده تصفیه شده اند. گفتنی است پیش از این نیز بارها از اِعمال تبعیض و محدودیت علیه شیعیان که حدود یک چهارم جمعیت افغانستان را تشکیل می‌دهند گزارش های متعددی نشر شده بود.
