شیعیان افغانستان از منع ورود کتاب‌های فقه جعفری در این کشور و گردآوری این‌دست کتاب‌ها از کتابخانه‌های دانشگاه‌های دولتی و خصوصی توسط طالبان، انتقاد می‌کنند.
به گفته آنان، دسترسی به اطلاعات مذهبی حق هر شهروند است و طالبان با وضع محدودیت نسبت به ورود کتاب‌های فقه جعفری به افغانستان و منع تدریس فقه این مذهب در دانشگاه‌ها، به آزادی مذهبی بی احترامی می‌کنند.
با این حال، علمای شیعه، انتقاد شهروندان نسبت به اقدامات تبعیض‌آمیز طالبان را به‌جا می‌دانند و ابراز امیدواری می‌کنند که طالبان در سیاست‌های داخلی خود تغییراتی ایجاد کرده و به همه مذاهب احترام قایل شوند.
این در حالی است که پیروان مذهب جعفری دومین گروه بزرگ مذهبی در افغانستان هستند.
طالبان اما به‌شکل آشکار وجود تنوع مذهبی در این کشور را انکار می‌کنند.
ندامحمد ندیم، سرپرست وزارت تحصیلات عالی تحت کنترل طالبان، در آذر ماه سال گذشته هنگام سخنرانی در استان کنر گفت که در افغانستان هیچ مذهب دیگری به جز مذهب حنفی، وجود ندارد.
همچنین وزارت تحصیلات عالی تحت اداره این گروه در زمستان سال گذشته با انتشار دستورالعملی به همه دانشگاه‌های خصوصی دستور داد تا کتابخانه‌های خود را از وجود کتاب‌های دارای اختلاف با فقه حنفی پاکسازی کنند.
افزون بر این، تدریس متون دینی غیر از فقه حنفی در دانشگاه‌های دولتی نیز از سوی طالبان ممنوع شده است.
