هم‌زمان با سرعت گرفتن روند اخراج اجباری مهاجران افغانستانی از پاکستان، کمیسیون آزادی‌های مذهبی ایالات متحده آمریکا در بیانیه‌ای، از بازگرداندن اقلیت‌های مذهبی به افغانستان ابراز نگرانی کرد.
این کمیسیون آینده اقلیت‌های مذهبی در افغانستان تحت سلطه طالبان را خطرناک خواند و خواستار بازنگری در تصمیم دولت پاکستان شد.
پیش از این سازمان عفو بین‌الملل و دیده‌بان حقوق بشر نیز با ابراز نگرانی شدید از سرنوشت افراد اخراج شده از پاکستان گفته بودند از میان مهاجرانی در معرض اخراج قرار دارند، حدود ۶۰۰ هزار نفر کسانی‌اند که در دو سال گذشته و پس از سلطه طالبان بر افغانستان و ترس از انتقام جویی‌های این گروه به پاکستان گریخته اند.
طا.لبان که خود پیرو مذهب سنی از نوع افراطی آن اند، در ۲۰ سال گذشته به اجرای حملات تروریستی علیه جوامع مذهبی شیعیان، اسماعیلیه‌ها، سیک‌ها و هندوباوران متهم بوده اند.
این گروه در دو سال اخیر نیز به طور گسترده‌ای عرصه زندگی اجتماعی را برای گروه های مذهبی به ویژه شیعیان تنگ تر کرده اند.
منع تدریس فقه شیعه در مدارس و دانشگاه‌ها، بستن برخی تکایا و مساجد شیعیان، حملات تروریستی به مراکز و اماکن شیعیان، دخالت شدید در ازدواج‌های شیعیان با اهل سنت و کنترل بر مراسم مذهبی شیعیان از جمله برخوردهایی اند که علیه شهروندان افغانستان به ویژه شیعیان و هزاره های این کشور اِعمال شده است.
